L’OMS ne classe pas la fièvre typhoïde comme étant particulièrement inquiétante pour les pays riches : en effet, nous l’avons maîtrisée au début du XXᵉ siècle. Dans les pays à moindres ressources, cette maladie est encore malheureusement assez active, et elle pourrait bientôt nous concerner de nouveau si la situation ne s’améliore pas. Cette infection est causée par un agent pathogène très virulent, la bactérie Salmonella enterica sérovar Typhi (S. Typhi) et continue de frapper chaque année des millions de personnes dans le monde, principalement en Asie du Sud. Dans certains pays où l’accès à l’eau potable est un luxe, la maladie circule encore à grande vitesse et la bactérie évolue… dans le mauvais sens.
En une trentaine d’années, S. Typhi a accumulé de nombreuses mutations, repoussant une à une les barrières que la médecine avait patiemment dressées contre elle. Une étude internationale, publiée en août 2022 dans The Lancet Microbe, a démontré que nous venons peut-être d’atteindre un point de non-retour : la bactérie a développé désormais une résistance à presque tous les antibiotiques (phénomène d’antibiorésistance) et continue à se propager comme si nous revenions dans les années 1930.
Comment cette bactérie ancestrale est-elle devenue un « superpathogène » ?
La typhoïde se traite normalement avec des antibiotiques dits « de première ligne », très standards, pris par voie orale : l’ampicilline, le chloramphénicol, et la triméthoprime-sulfaméthoxazole. C’est grâce à ce trio que nous l’avons contenue au XXème siècle, mais dans les années 1990, la bactérie a commencé à se montrer plus résistante, principalement en Asie du Sud.
Les médecins se sont alors rabattus sur des molécules plus récentes : les fluoroquinolones dans les années 1990, puis les céphalosporines de troisième génération au début des années 2000. Pendant un temps, ces traitements ont suffi face à la maladie, mais cette acalmie n’aura été que de courte durée : dès le milieu des années 2000, les premières résistances aux fluoroquinolones ont été observées au Bangladesh, au Pakistan et en Inde, avant que les résistances aux céphalosporines ne se multiplient à leur tour dans les années 2010.
L’équipe internationale signataire de l’article énoncé en introduction a séquencé 3 489 souches de S. Typhi prélevées entre 2014 et 2019 dans ces trois pays ainsi qu’au Népal. Après analyse, ils ont observé une montée fulgurante de formes appelées XDR (Extensively Drug Resistant), des souches complètement résistantes aux antibiotiques et aux traitements modernes. La bactérie est devenue, en à peine 40 ans, extrêmement coriace et a su évoluer comme si elle était un agent pathogène (presque) entièrement nouveau.
Pour Jason Andrews, infectiologue à Stanford, cette situation est une bombe à retardement : « La vitesse à laquelle ces souches hautement résistantes émergent et se diffusent est réellement préoccupante. Cela montre qu’il faut étendre d’urgence les mesures de prévention ».
Le problème, c’est que la bactérie n’a que faire des frontières, qui sont, elles, devenues de plus en plus poreuses à mesure que les voyages internationaux ont augmenté. Elle a quitté son berceau, et depuis les années 1990, près de 200 épisodes de propagation internationale de souches XDR ont été détectées : Asie du Sud-Est, Afrique de l’Est, Afrique australe… mais aussi Royaume-Uni, États-Unis ou Canada. La mondialisation bactériologique est en marche !
L’azithromycine : le dernier pansement avant la chute ?
Face à cette bactérie, nous voilà plus que démunis, puisqu’il ne reste qu’un seul antibiotique efficace : l’azithromycine. Malheureusement, l’étude de 2022 montre que l’histoire va certainement se répéter, car S. Typhi montre déjà des signes de résistance à cette molécule.
Même si ce n’est pas le cas pour toutes les souches XDR, toutes les conditions sont réunies pour que ces dernières finissent par être complètement hermétiques au traitement. La bactérie circule dans des zones où l’usage répété d’antibiotiques laisse le temps aux mutations de s’installer, puis se diffuse vers d’autres pays avant même que les systèmes de santé locaux n’aient pu réagir. Dans certaines régions, les antibiotiques sont accessibles sans ordonnance, favorisant une utilisation anarchique qui laisse émerger des résistances particulièrement robustes et la surveillance génomique n’est pas assez régulière pour suivre l’évolution des mutations dangereuses.
Nous nous retrouvons donc assis sur le même baril de poudre qu’au début des années 1990, et si les souches XDR mutent suffisamment pour que l’azithromycine ne les atteigne plus, nous serions alors face à une crise mondiale. Une crise sanitaire qui ferait passer celle du COVID 19 pour un épisode mineur comparé à ce que provoquerait une pandémie de typhoïde.
En moyenne, le taux de mortalité du COVID-19 est situé aux alentours de 0,5 % en moyenne ; celui de la typhoïde, sans traitement disponible, est de 20 %, soit 40 fois plus élevé. Si une flambée des cas devait avoir lieu un jour et si le nombre de cas venait à doubler ou tripler (ce qui serait plausible sans traitement), une fourchette de 5 à 10 millions de morts sur quelques années serait, malheureusement, une estimation raisonnable, voire prudente.
Dans le pire des cas, nous pourrions voir 20 millions de personnes succomber si les épisodes de contamination se succédaient pendant cinq à sept ans sans nouveau traitement. Les pays à faible revenu resteraient les plus vulnérables en raison de l’accès limité à l’eau potable et à l’assainissement, mais les pays riches ne seraient pas épargnés non plus, car la diffusion internationale des souches XDR est déjà avérée.
Il nous reste heureusement une solution : la vaccination. Les vaccins contre la typhoïde existent (Vaccins Conjugués contre la Typhoïde, VCT), et se montrent très efficaces s’ils sont correctement distribués à la population. En 2021, des chercheurs indiens ont estimé qu’une immunisation systématique dans les villes permettrait d’éviter environ 36 % des cas et des décès. Le Pakistan, pionnier en la matière, a déjà intégré le vaccin dans son programme national, mais la majorité des pays touchés avance encore à petits pas.
Néanmoins, si la couverture vaccinale est trop lente et que la recherche de nouveaux antibiotiques continue de stagner, les souches XDR gagneront inévitablement du terrain. Il faut voir une épidémie comme un incendie à contrôler ; la vaccination peut le ralentir, mais elle ne peut l’éteindre seule si la bactérie devient complètement résistante aux antibiotiques. Nous ne devons plus tergiverser et n’avons aujourd’hui plus le choix : si nous voulons éviter que S. Typhi devienne le prochain cauchemar sanitaire des années 2030-2050, il faut réagir très rapidement. Généraliser les vaccins est un premier pas, mais si nous ne renforçons pas la surveillance génomique et ne finançons pas assez la recherche thérapeutique, c’est une véritable hécatombe qui nous attend.
- Une étude internationale montre que la bactérie responsable de la typhoïde est en train de devenir résistante à presque tous les traitements disponibles, avec une diffusion mondiale déjà bien engagée.
- Si le dernier antibiotique restant venait à perdre son efficacité, la mortalité pourrait atteindre des niveaux inédits depuis un siècle, avec plusieurs millions de victimes possibles en quelques années.
- La vaccination fonctionne, mais son déploiement reste trop lent : sans investissements rapides dans l’immunisation, la surveillance génétique et la découverte de nouveaux antibiotiques, une crise sanitaire majeure est à prévoir.
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